Совершенно неожиданно столкнулся с проблемой, что на сервере Debian 6.0 с PHP 5.3 + php-apc не работает MySQLAdmin:
[apc-warning] GC cache entry '/usr/share/phpmyadmin/libraries/*
Для исправления этого безобразия необходимо в файле настроек php (php.ini) в любом месте вставить строчку
apc.filters = \"-/usr/share/phpmyadmin/.*\"
и перезапустить Апач.
Здесь обсуждается статья:
MySQLAdmin + APC кеширование